С 1 июля 2018 года в России действует система электронной сертификации «Меркурий», созданная для оформления ветеринарных сопроводительных документов на товары, подлежащие обязательному ветеринарному контролю. Подключение к системе обязательно для всех организаций и предпринимателей, которые занимаются торговлей, хранением, производством и транспортировкой таких товаров.
Переход на электронную ветеринарную сертификацию  позволяет сделать прозрачным оборот животноводческой продукции, так как дает возможность отследить ее движение от производителя до прилавка. 
Продукция животноводства, не имеющая ветеринарных сопроводительных документов, может быть опасной для потребителя, поскольку нельзя установить данные о ее происхождении, о результатах ветеринарно-санитарной и лабораторной экспертизы. В связи с этим Управлением Россельхознадзора по Республике Карелия, Архангельской области и Ненецкому автономному округу осуществляется контроль исполнения законодательства хозяйствующими субъектами.
Так, в сентябре-октябре 2018 года во взаимодействии с Северо-Западным ТУ Росрыболовства была проведена работа по установлению лиц, имеющих разрешения на добычу водно-биологических ресурсов в 2018 году и не зарегистрированных в информационных системах в сфере ветеринарии (всего 148 хозяйствующих субъектов в Республике Карелия). 79 из них использовали свою квоту, осуществляя добычу водно-биологических ресурсов.
В адрес 119 организаций были направлены предостережения  о недопустимости нарушения обязательных требований законодательства в области ветеринарии при осуществлении вылова (добычи)  водно-биологических ресурсов с последующим хранением, транспортировкой, реализацией без ветеринарных сопроводительных документов и без проведения ветеринарно-санитарной экспертизы.
По результатам проведенной работы  около 50%  хозяйствующих субъектов направили заявки для регистрации в системе. Кроме того, еще часть субъектов проинформировала Управление о том, что не занимается промышленным выловом водно-биологических ресурсов и их реализацией (а значит, в регистрации нет  необходимости).
По состоянию на 19 октября 2018 года в Республике Карелия доступ к системе ФГИС «Меркурий» имеют 69, 4 % хозяйствующих субъектов, занимающихся содержанием сельскохозяйственных животных, добычей, производством и переработкой животноводческой продукции.  Зарегистрированы в системе «Меркурий» 100% оптовых организаций, федеральных торговых сетей, предприятий, занимающихся содержанием и убоем свиней и производством свинины, производством кормов, предприятий мясопереработки,  переработчиков сырого молока, а также бюджетных организаций. Однако из числа хозяйствующих субъектов, осуществляющих содержание крупного рогатого скота и производство сырого молока, лишь  около 50% получили доступ к электронной системе. Также примерно четверть розничных торговых сетей не используют в своей работе электронную ветеринарную сертификацию.
Управление Россельхознадзора напоминает: животноводческая продукция, предназначенная для дальнейшей реализации, должна быть подвергнута ветеринарно-санитарной экспертизе. Проведение ветеринарно-санитарной экспертизы осуществляется сотрудниками государственной ветеринарной службы субъектов РФ. Перемещение продукции от места производства до места проведения ветеринарно-санитарной экспертизы должно сопровождаться ВСД. Нарушения, связанные с перевозкой продукции животного происхождения без сопровождения ветеринарно-сопроводительными документами, образует состав административного правонарушения по ч. 2 ст. 10.8 КоАП РФ, Нарушения, связанные с производством и оборотом продукции без проведения ветеринарно-санитарной экспертизы, без оформления ВСД образуют состав административного правонарушения по ч.1 ст. 10.8 КоАП РФ).
Для регистрации в Информационных системах Россельхознадзора с целью получения прав доступа в ФГИС «Меркурий» необходимо заполнить заявление установленного образца (доступно для скачивания на сайте Управления Россельхознадзора по Республике Карелия, Архангельской области и НАО) и направить его для обработки в Управление Россельхознадзора по Республике Карелия, Архангельской области и НАО по 185031, г. Петрозаводск, ул. Мурманская, д.22. Консультации можно получить: тел./факс: (8142) 78-24-32, e-mail: ohotupravlenie@karelia.ru, или непосредственно обратившись в Управление Россельхознадзора.